Nas etapas que passou, o código gerou embates entre ambientalistas e ruralistas, já que as regras estabelecem quais áreas devem ser preservadas dentro de cada um dos 5 milhões de imóveis rurais do país. O projeto aprovado por ampla maioria dos deputados, em maio, foi considerado pelo governo e por ambientalistas como um retrocesso. Isso porque retirava a proteção de alguns locais frágeis, como manguezais, e permitia a legalização de todas as atividades rurais localizadas dentro das Áreas de Preservação Permanente (APPs) - locais como beiras de rio e encostas - até julho de 2008.
